17. století

Po smrti Zuzany Berkové roku 1592 odkázal její manžel Zdeněk Berka (+ 1594) majetek svému bratru Ladislavovi. Meziříčí se tak dostalo do majetku Berků z Dubé a Lipého, další významné moravské šlechty.

Ladislav Berka dosadil na meziříčskou faru katolického kněze Mikuláše Sarkandra, čímž začíná proces rekatolizace města. Ke svému bratru sem přijížděl i Jan Sarkandr, aby mu pomáhal. Zde se také v září roku 1606 oženil s Annou Plachetskou, dcerou zdejšího předního měšťana Jana Plachetského. Když jeho manželka po roce zemřela, Jan dokončil studia a stal se knězem. (V roce 1995 byl svatořečen.) Ladislav Berka potvrdil roku 1600 meziříčským měšťanům právo vařit pivo. Město tím bohatlo, protože všechny krčmy na panství měly povinnost odebírat pivo z města.

Jako přívrženci císaře Rudolfa byla v letech 1608 - 1613 na Berkovy statky uvalena nucená správa v souvislosti s bojem Matyáše proti Rudolfovi. Za Berkových synů postihla město třicetiletá válka, která zastavila další rozvoj. Město bylo několikrát vypleněno vojsky obou válčících stran. V letech 1619 a 1620 to byli Poláci, 1622 uherská jízda, později císařské vojsko. Mnoho škod způsobili i Švédové, kteří město v letech 1643 - 1645 značně zpustošili. V této válce bylo město 8krát vypáleno, na mor zemřelo přes 1000 lidí a 266 domů lehlo popelem. Po skončení války zůstalo mnoho domů ve městě pustých. Meziříčí pokleslo na úroveň poddanského města a ztratilo většinu privilegií.

Na konci třicetileté války město změnilo majitele. Hraběnka Anna Marie Khieslová z Kotsche, rozená Berková, byla v roce 1648 zajata Švédy při obsazení Malé Strany v Praze. Aby se mohla vykoupit, půjčila si od kardinála Harracha značný obnos. Splatila ho tím, že prodala roku 1649 Meziříčí hraběti Rudolfu Kounicovi za 80.000 zlatých. Hrabě Kounic se pokoušel obnovit panství po hospodářské stránce. Prázdné domy ve městě obsadil svými poddanými z jiných panství, německé národnosti. Od té doby docházelo k poněmčení města.

Nový majitel se podílel i na rozšíření židovského osídlení. Roku 1636 se uvádí při přijetí Žida Josefa do města, že se jedná o zápis prvního Žida zde usedlého. Po roce 1650 však počet židovských obyvatel roste. K roku 1660 známe prvního rabína, jímž byl Efraim Kohen, v roce 1665 se uvádí židovský rychtář Abraham Žďárský. V roce 1650 zakoupili zdejší Židé „pusté místo Holubářovské ku pohřebu mrtvých těl židovských“ za 60 zlatých moravských. Velkomeziříčské židovské Nové Město bylo jednou z významných židovských obcí. Židovská obec se ve městě udržela až do 40. let 20. století, přičemž až do té doby sloužil rovněž hřbitov.

Po třicetileté válce nastala změna ve vrchnostenském podnikání. Jestliže v předchozím období vrchnost podporovala podnikání města, v tomto období se sama věnuje některým činnostem. Typickým příkladem je vaření piva. Podle předchozích privilegií bylo vaření piva městským právem. Nyní se do této činnosti pustila vrchnost, která navíc v pivovar přeměnila budovu bývalého luteránského gymnásia. Protože poddaní měli za povinnost odebírat pivo z panského pivovaru, přišlo tím město o odbytiště v okolí.

Roku 1663 horda Turků a Tatarů sužovala okolí města, ale do města samého se vtrhnout neodvážili. Syn Rudolfa Kounice prodal Meziříčí roku 1676 pánům z Ugarte, šlechtě španělského původu. Za jejich držení ještě zesílil útisk poddaných. Nakonec došlo k dlouhému sporu mezi majiteli a městem, který musel rozhodnout až císař Josef i . roku 1691. V některých bodech sporu vyhrálo město, v jiných dal císař za pravdu majitelům panství.